Le consortium FrOG (French OncoGenetics) réunissant des Centres de lutte contre le cancer, des CHUs et Unicancer sous l’égide du groupe Génétique et cancer (GGC), annonce le lancement de FrOG, une base de données nationale centralisée et partagée, destinée à améliorer la prise en charge des patients en oncogénétique en France. La base de données FrOG centralise et reprend les informations et interprétations colligées depuis les années 1990 par les laboratoires de génétique moléculaire du dispositif national d’oncogénétique des centres hospitalo-universitaires (CHU) et des centres de lutte contre le cancer (CLCC) membres du GGC. Ainsi, FrOG a permis la reprise des données consolidées du GGC aussi bien pour les gènes de prédisposition aux cancers du sein et de l’ovaire, que pour les gènes de prédisposition aux cancers du côlon et polyposes, du syndrome de Li-Fraumeni, et des cancers gastriques diffus héréditaires. La base FrOG intègre à ce jour près de 12 000 variants identifiés ces dernières décennies chez plus de 41 000 patients. L’infrastructure informatique du projet FrOG s’articule autour d’une base de données, d’un pipeline de traitement et d’annotation des données, d’une interface de programmation (Application Programming Interface ou API) sécurisée et d’une application web. Les données sont conservées conformément à la réglementation en vigueur. L’interface propose les statistiques sur l’ensemble des données, la recherche des variants par critères et des liens vers des bases généralistes ou d’experts externes. Elle permet également une gestion de la bibliographie et la traçabilité des décisions d’expertise. Dans une première phase de consolidation de l’outil, la base FrOG ne sera alimentée et consultable que par les laboratoires de génétique moléculaire membres du consortium FrOG. Par la suite, l’accès sera ouvert à un plus grand nombre de laboratoires de biologie moléculaire. De plus, si le programme FrOG a été conçu pour un usage dans le cadre du soin, le souhait du consortium est de permettre également à des équipes de recherche d’accéder à cette masse de données structurées, harmonisées et annotées (une fois anonymisées) à des fins d’amélioration de la prévention, du diagnostic et du traitement du cancer mais aussi d’autres maladies ayant une composante génétique.
MC d’après le communiqué de Unicancer du 31 janvier 2022.
